InDesign 2.0Jでは、QuarkXPressファイルの変換についても強化されたようです。
QuarkXPress 4.1のファイルをInDesign 2.0Jで開き、各機能がどのように変換されるのかを検証してみました。

（行揃え）
問題なく変換できました。ただし、QuarkXPressで「強制割付」を使用する場合、最後にリターンキーを挿入しないと強制割付は適用されませんが、InDesignではリターンキーなしでも「両端揃え」が適用されます。

（文字揃え）
「上揃え」は「仮想ボディの上/右」、「センタリング」は「中央」、「ベースライン」は「欧文ベースライン」、「下揃え」は「仮想ボディの下/左」に変換されます。

（テキストボックス）
テキストボックスに方形以外を使用している場合、ボックスの形によってはテキストがはみ出して表示されます。

（ぶらさがり）
InDesignではぶらさがりは反映されず、ぶらさがり領域にもテキストが配置されます。

（縦組みの文字の変形）
「横比率」は「垂直比率」に、「縦比率」は「水平比率」に変換されますが、これは表記方法の違いのためで、文字の見た目には変化はありません。

（線種）
「ラインの種類」や「矢印の先端」については、ある程度は変換されますが、「線分」や「間隔」が異なるなど完全には変換されません。

（段落罫線）
段落罫線のオフセット値が％ではなく、絶対値で設定されている場合のみ正確に変換されます。

（ルビ）
「\」を使用してモノルビをふったものは、1文字ずつのグループルビとして認識されます。
「相対サイズ」や「ベースラインシフト」「横比率」「縦比率」は正しく変換されますが、「トラッキング」や「揃え」は無視されます。
1行目にルビがある場合、QuarkXPressではボックス内にルビが収まるのに対し、InDesignではフレームの外にルビが配置されます。

（トラッキング）
問題なく変換できます。ただしQuarkXPressは1/200em、InDesignでは1/1000emと単位が違うため数値は換算される。

（アウトライン文字）
「テキストのボックス化」でアウトライン化したものは、正常に変換できません。

（禁則処理）
QurkXPressの禁則処理は、InDesignでは新しい禁則処理として読み込まれ、特に問題はありません。

（縦組み中の文字回転）
正常に回転されますが、「縦比率」「横比率」「トラッキング」は反映されません。

（配置画像）
QurkXPressではboundingboxの数値を参照して画像を配置しています。InDesign上では画像の幅や高さ、スケール値が若干異なって表示されるが、正確に変換されるようです。リンクも問題ありませんでした。

（パスタイプツール）
QuarkXPressとInDesognで表示される座標値に微妙な狂いが見られますが、ほぼ問題ないようです。

（テキストの傾斜）
正しく変換されず、傾斜は無視されます。

（ベースライングリッド固定）
ベースライングリッド固定を使用した場合、InDesignでは「グリッド揃え」が「欧文ベースライン」に設定されるため、行の位置がずれます。

（1行目のベースライン）
「オフセット」は正常に変換されますが、「最小値」は「アセント」、「大文字の高さ」と「大文字＋アクセント」は「キャップハイト」に変換されます。

（回り込み）
上下左右のオフセット値が異なって変換されます。

（アンカーボックス）
「テキストとの揃え」は無視され、InDesignの仮想ボディの底辺に配置されます。また文字組みが崩れたり、縦組みの場合にはアンカーボックスが90度回転して表示されます。

（上付き文字、下付き文字）
正常に変換されるが「肩文字」は「上付き文字」に変換されます。

（フォントセット）
「漢字」や「かな」の「ベースラインシフト」「文字の変形」がInDesignでは反映されないほか、InDesignには「全角約物」「全角記号」などの設定項目があるため、完全には変換されません。しかしInDesign側で設定を修正してやることで使用は可能。

（その他、試してみて問題がないと思われる機能）

• ベースラインシフト
• カラー
• カーニング
• 原点
• 座標値
• インデント
• 前段落との間隔、次段落との間隔
• ボックスの回転、傾斜
• テキストとの間隔
• テキストの角度
• ドロップキャップス
• 水平フリップ、垂直フリップ
• ボックス内の行位置
• タブ
• スタイルシート
• ガイド
• セクション
• マスターページ