InDesign CSでは、フォント名が同じであってもPostscript名が異なる場合には、別々にフォントメニューに表示されるようになりました。下図を見ると、TrueType形式とType1形式のCourierが別々のフォントとして認識されているのがわかります。なお、TrueTypeの場合(TT)、Type1の場合(T1)とフォント名の末尾に表示されます。
なお、CSでは小塚フォントがアップデートされており、CSをインストールすると旧小塚フォントが削除され、新しい小塚フォントがインストールされます。小塚フォントのアップデートに関しては、こちらをご覧下さい。
http://kb2.adobe.com/jp/cps/223/223803.html