CS6でPDFフォームの機能が搭載されましたが、これまでのバージョンでは、テキスト入力フィールドにおいて、フォントを指定することはできませんでした(フォームのすべてのテキストは、Acrobatのデフォルトフォントになっていました)。
InDesign CC 2019では、[ボタンとフォーム]パネルに[フォント]と[フォントサイズ]を設定する項目が追加され、[リストボックス][コンボボックス][テキストフィールド]において、フォントの指定が可能になりました(下図)。
フォントを指定して書き出したPDFのテキストフィールドにAcrobatで入力してみましょう(下図)。ちゃんと指定したフォントで入力できています。
ただし、現時点で一部フォント(源ノ明朝や源ノ角ゴシック、貂明朝など)を指定すると問題が起こりますので注意してください。下図のように文字化けします(macOSのプレビュー.appでは文字化けしません)。これは「Adobe-Japan1以外のOpenType CID日本語フォント」を指定した場合に起こるそうです。Acrobat側で文字化けしてしまいます。原因はInDesignではなくAcrobat側にあるそうで、Unicode→CIDのマッピングを一律にAdobe-Japan1のものを使っていることによる問題だそうです。