Mac版のAcrobatでは5.0からトゥルータイプフォントを埋め込んだPDFを作成することができるようになりました。InDesignではどうでしょうか。
下図はトゥルータイプを使用したドキュメントで[データ書き出し]をしてPDFを作成したものです。NIS-POPとOsakaを使用しています。
![](https://study-room.info/archives/001/201004/4bda5a1b561d0.gif)
上図がAcrobat 4.05で開いたものです。トゥルータイプフォントが埋め込まれているのがわかります。もちろん、トゥルータイプフォントを使用したIllustrator 8.01のファイルを貼り込んでも埋め込むことができました。
当方では、Acrobat 4.05までしか持っておりませんが、InDesignを使用するか、InDesignに貼り込むことでトゥルータイプフォントを埋め込んだPDFを作成することができるようになりました。