CC 2014では、脚注機能が向上しました。これまでのバージョンでは、脚注エリアに対しては回り込みが反映されませんでしたが、今回のバージョンから、脚注テキストに対しても回り込みが反映されるよう改善されています(下図)。
また、脚注エリア内のアンカー付きオブジェクトに対しても、回り込みが設定可能になりました。ただし、回り込みが適用されるのは、アンカー付けされた次の行以降に対してです。
さらに、長方形以外のテキストフレームに対しても脚注機能が対応したため、脚注テキストがフレームからはみ出すことはありません(下図)。
※なお、同様の内容をAdobe Design Magazine内の『InDesign CCを体験しよう』でも書かせていただいております。