InDesign CCでは、自動流し込み等のように、テキストをレイアウトグリッドに沿って流そうとすると、フレームグリッドがずれる現象が発生します。
[ファイル]メニューから[配置]コマンドを実行すると、マウスポインタがテキスト配置アイコンに変化します(下図)。
この状態からレイアウトグリッド右上でクリックすると(上図)、下図のようにフレームグリッドがずれた状態で作成されます。
CS6でも若干のズレはありましたが、ここまで大きなズレは起きませんでした。マウスポインタがテキスト配置アイコンに変化する際に、本来の位置よりも右にずれた位置でテキスト配置アイコンが表示されるようなので、何らかの表示の問題があるのかもしれません。いずれにせよ、早急な改善を望みます。