これは以前、Tooの掲示板InDesignのVOICEで報告されていた現象です。まずは下図をご覧下さい。
文章にルビをふったものです。この文章全体にベースラインシフトを4H適用してみました（下図）。
ところどころルビがおかしいようです。ベースラインシフトをしたにもかかわらず、ルビが取り残されている所がありますね。それではベースラインシフトを−4H適用した場合はどうでしょう（下図）。
やはり一部のルビが取り残されています。それでは文章全体にベースラインシフトを適用するのではなく、一部の文字のみにベースラインシフトを適用した場合はどうでしょうか。下図はグループルビとしてルビをふった「勉強部屋」のみにベースラインシフトを適用しました。
ベースラインが上がった分、それにあわせてルビも上にあがりました。それではモノルビとしてルビをふった「意見」にベースラインシフトを適用するとどうでしょう（下図）。
「い」と「けん」でルビがずれてしまいました。どのようにルビがずれるかは、よくわかりませんでしたが、ルビ混じりの文にベースラインシフトを適用する時は注意が必要のようです。
