通常、環境設定をリセットする場合は「ホーム」→「ライブラリ」→「Preference」→「Adobe InDesign」→「Version 3.0J」フォルダの「InDesifn Defaults」を捨てて起動すればOKですが、
(Mac)command+option+shift+controlを押しながら起動、
(Windows)起動後すぐにshift+control+altを押すことでも、リセットが可能です。
この方法でInDesignを起動させると、上図のようなダイアログが表示されますので、「はい」をクリックすればOKです。
なお、環境設定をリセットすると、作成しておいた[字形セット]も削除されてしまいます。[字形セット]を作成している場合は、環境設定のバックアップをとっておくとよいでしょう。
環境設定ダイアログを開いているときにoption(Windowsはalt)キーを押すと、上図のように「キャンセル」ボタンが「リセット」ボタンに変わります。この「リセット」ボタンは環境設定をデフォルトに戻すボタンではなく、環境設定ダイアログを開いた時点からの変更をリセットするものです。注意して下さい。
また、「すべての警告ダイアログをリセット」ボタンは、下図のような警告ダイアログで「再表示しない」に設定した警告ダイアログを、表示させるようにするボタンです。