InDesignには下線を引く機能がありますが、下線の位置や色を変える事はできません。しかし、下線をルビとして引くことにより色や位置を変える事ができます。これはTooの掲示板で「ShoeTime+one」のせうぞーさんが答えていらっしゃったのですが、なるほどと思い試してみました。
下図はInDesignの［下線］の機能を使って、下線を引いたものです。下線の位置も変えられませんし、下線の色は親文字の色と同じ色が使用されます。また欧文の場合ですと、一部の文字に下線がかかっています。

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この下線をルビの機能を使って引いてみました。［文字］パレットから［ルビ］を選択すると下図のようなダイアログが出てきます。［位置］で［親文字の下／左］を選択する事により、文字の下にルビをふることができます。位置は［親文字からのオフセット］で調整します。

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次に［フォント］や［サイズ］を選びます。選ぶフォントによって、下線の太さも変えることができます（下図参照）。

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また、下線と下線の間にアキができるような場合には、ルビのサイズを大きめにして［ルビの文字幅を自動的に詰める］にチェックを入れ、調整するといいかもしれません（下図参照）。

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あとは、好みの色を設定すればOKです（下図参照）。

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これでルビの機能を使って下線を引く事ができました。色や位置も自由に変える事ができます。下図のように親文字と親文字の間がパラついていても、つながった下線を引く事ができました。

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